Khâm định Việt sử thông giám cương mục được biên soạn theo thể biên niên dựa trên cơ sở Đại Việt sử ký toàn thư, Đại Việt sử ký tục biên, có tham khảo các sách sử của Trung Quốc cùng các sách sử khác của Việt Nam. Bộ sách được viết theo thể "cương mục" của Chu Hi thời Tống, chia ra "cương" (phần tóm tắt gọn và sáng) và "mục" (việc chép rộng ra cụ thể hơn), theo thứ tự năm, tháng, ngày ghi chép sự kiện lịch sử, tiểu sử các nhân vật, lời cẩn án giám định một số sự kiện, nhân vật và niên đại trên cơ sở khảo chứng các sách sử, tư liệu của Việt Nam và Trung Quốc, lời chú thích tên người, tên đất, chế độ thi cử, tổ chức hành chính, rải rác có các lời phê của vua Tự Đức.